灌根药物选择要合理。要选择针对性强，并且防效较好的杀菌剂，不要盲目用药，以免延误防治时机，同时要尽可能地减少浪费。
1.施用浓度要恰当。
杀菌剂尽量与氨基酸类液肥或具有刺激根系发育的激素混合施用，药液的浓度以不高于1500倍液为宜，防止蔬菜根系周围土壤药液浓度过高，造成药害。
2.土壤生物要兼顾。
选择的杀菌剂施入土壤后不能破坏土壤内部的生物群体和生态平衡。如已施用菌肥的棚室，尽量不要用杀菌剂灌根防病，以防杀死菌肥中的有益微生物，使菌肥失去肥效。如果蔬菜已发生病害，则必须用杀菌剂灌根，不要再考虑菌肥中有益微生物是否会受损，以免因小失大，导致病害暴发。
3.灌根前不宜浇水。
一是因为蔬菜的根部病害已经发生，若浇水，病菌会随流水进行传播，造成更多死棵。二是因为浇水容易导致土壤透气性下降，使蔬菜根部缺氧，产生沤根，植株抗逆性降低，病原菌更容易侵染，加剧死棵的发生。所以在灌根前不宜浇水。
4.灌根后不宜立即浇水。
灌根后立即浇水，会使土壤中的药液很快稀释，杀菌防病效果降低。因此，在用杀菌剂灌根后的几天内尽量不要浇水。若缺水时，可在定植沟内浇一小水，以水面到垄高的1/3为宜，千万不要漫过垄面，以免土壤中药液浓度被稀释。
5.药害补救要及时。
在用杀菌剂灌根后，蔬菜一旦出现萎蔫、黄化、停止生长等药害症状，应及时进行补救，以免造成更大损失。补救措施：一是迅速浇一次清水，以稀释土壤中药液浓度；二是及时灌根，以缓解药害，促使根系尽快恢复生机，让植株转入正常生长。
