辣甜椒从种到收发生的主要病害有猝倒病、疫病、灰霉病、病毒病、炭疽病、白粉病、菌核病、叶枯病、褐斑病、疮痂病、青枯病、线虫病等。
猝倒病。幼苗感病后在茎基部呈水浸状软腐，感病部位逐渐缢缩坏死。主要防控措施：每亩使用二氯异氰尿酸500克均匀撒施土表耙锄进行土壤消毒。出苗后3片真叶时，每15公斤水对精品万家丰（松脂酸铜）20毫升+高钾25克及时喷雾。田间发现个别猝倒病苗后，选用72.2%扑霉特（霜霉威）20毫升+25毫升绿风95对15公斤水喷雾防治。
疫病。茎秆、果实、叶片都能感病，田间一旦发现病株，立即喷施69%烯酰吗啉20克+80%万生（代森锰锌）30克兑水15公斤进行防治。
灰霉病。主要为害幼果和叶片，果蒂感病向内扩展，病果呈灰白色，软腐，长出大量灰绿色霉菌层。选用50%扑海因（异菌脲）30克+精品万家丰20毫升兑水15公斤喷雾防治。
病毒病。感病症状有花叶、黄化、坏死、畸形等，防治传毒昆虫是重要环节，选用70%吡虫啉水分散颗粒剂2克+1.5%植病灵20毫升+高钾25克兑水15公斤喷雾防治。施药时一定要同时加入10克高锌。
炭疽病。主要侵染叶片和幼果，圆形轮纹病斑。可选用阿米多彩1500倍液喷雾预防，也可以选用苯唑·乙酸铜20毫升+高钾25克；或精品万家丰20毫升+加百利（复硝酚钠）10克兑水15公斤喷雾防治。
菌核病。先从主干茎基部和侧根侵染，呈褐色水侵状凹陷，叶片感病为水浸状大块病斑，病部凹陷，长出白色菌丝体。叶枯病（斑枯病）。为害叶片、叶柄和果实。初期感病叶背面生出小圆斑，边缘深褐色，病斑中心凹陷、灰白色。褐斑病。在生长中后期发病，危害叶片。初期感病叶片呈水浸状褐色小斑点，逐渐扩展成不规则深褐色病斑，病斑中央呈黑褐色亮斑。以上三种病害可选用10%苯醚甲环唑1000倍液，或50%乙烯菌核利600倍液，每15公斤水分别加入精品万家丰20毫升和有机硅助剂展透5-10毫升，能够显著提高药效。
疮痂病。细菌性病害，叶片上可见灰白色至灰褐色病斑，剖开茎秆茎内褐变，感病后期茎杆基部皮层腐烂，潮湿条件下病茎和叶柄溢出菌脓。感病叶片病斑边缘褪绿，圆形或不规则水浸状，黑绿色或黄褐色。染病果实果面有隆起的白色圆点。青枯病，为害叶片、幼嫩生长点，后期整株萎蔫，萎蔫植株到傍晚还可以恢复正常生长。以上两种病害主要选用53.8%志信2000（氢氧化铜）、三氯异氰尿酸、二氯异氰尿酸、精品万家丰、农用链霉素等防治细菌性病害的药剂喷雾防治，施药时每15公斤水加入10克高硼。
