香蕉的茎分为真茎和假茎两部分。真茎又包括球茎和气生茎(花序茎)。 1、球茎 俗称蕉头，生于地下，是着生根系、叶片和吸芽的地方，也是养分的贮藏器官，富含淀粉和矿质营养。球茎的中央为中心柱，富含薄壁细胞及维管束，四周的皮层，上部着生叶鞘，下部着生根系及吸芽。吸芽与母株的维管束是相通的，可与母株进行营养、水分及激素的交流。 球茎的顶部中央即为生长点，开始仅抽生叶子，当植株生长到一定程度，生长点叶芽转化为花芽，形成花蕾，并不断向上抽生。抽蕾后，撑着果穗。这就是气生茎，也就是含于假茎之中心的真茎。 真茎上着生许多叶片，两叶片着生之间称为茎的节。球茎的节间很短，几乎为零，但气生茎的节间较长，可达1米。香蕉每片叶基部球茎含有1个腋芽，但能发育成吸芽的仅几个至十几个。 球茎的生长包括横向生长和纵向生长，一般横向和纵向均匀生长膨大，但如定植过深，土质粘重、渍水，纵向生长会大于横向生长，表现“露头”。 球茎在植株营养中后期生长加速，花芽分化后期增至最粗，以后基本停止膨大。球茎在香蕉收获期后几个月甚至1年以上才死亡，其养分可供吸芽生长，但会诱发病虫害及阻碍子代根系的生长，可用铲破成4块加速其腐烂，最后挖除填上新土。 花序茎是植株进行花芽分化的生理分化阶段时由球茎骤缩形成。花序茎由薄壁细胞和维管束构成，富含钾，其上着生6-8片叶，这些叶片的节间越来越大，最大可达1米。花序茎上着生的叶片是果穗最重要的光合产物提供者。 2、假茎 由叶鞘互相紧密抱合而成，俗称蕉身或干，多汁，呈圆柱形。叶鞘两面光滑，内表皮纤维素大大加厚，外表皮外露时，先是木栓化，后是木质化，以便起保护作用。叶鞘内有薄壁组织和通气组织形成的间隔，维管束有发达的韧皮部夹带离生乳汁导管，多分布于靠近外表皮处。最外层的维管束也伴有厚壁组织。从假茎的组织结构看，它是较易折断的。其结构质地也因品种而异，大蕉、粉蕉较香蕉结实。假茎含有丰富的养分。 据分析，假茎含五氧化二磷和氧化钾比其他任何器官都多，含氮仅次于叶片。抽蕾后，假茎上的养分尤其是钾转移到果实上去。生产实践中可见假茎粗大的产量相对较高。生长前期，假茎干物质的积累占70%以上，采收后，假茎的营养也可部分回供吸芽生长。 与假茎上端连接的是叶柄，其结构与假茎相似。各品种的叶柄长短、形状不同，是区别香蕉、龙牙蕉、粉蕉和大蕉的主要依据之一。 不同类型品种的假茎颜色是不同的，大蕉为青绿色，粉蕉为青绿色被粉，香蕉为棕褐斑青色，龙牙蕉为紫红斑黄绿色。 香蕉假茎高度是一个极重要的性状，它与品种、果实的产量质量、种植密度、抗风性、田间管理等的关系十分密切。高干品种比矮干品种高，正造蕉比雪蕉高，宿根蕉比新植蕉高，肥水充足的比肥水差的高，光照不足比光照充足的高。 经常可见中矮把品种宿根蕉的干高相当于中把品种新植蕉的干高，有时宿根正造蕉的干高比新植中把蕉雪蕉的干还要高些。但正常条件下，每一品种的干高与粗(中周)的比(茎形比)在抽蕾时是相对稳定的。 假茎的粗度取决于叶鞘的厚度和数量，与品种、营养及水分供给，病虫害防治及环境条件关系密切，一般假茎粗壮的植株抗风性较强，梳果数较多，但果指较短。而假茎高而瘦的香蕉则相反，抗风性差，梳果少而果指较长。大蕉、龙牙蕉等这方面的规律性不明显。
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