在麻山药生长期，病害防治是各项管理的中心是重中之重。从半架期也就是6月中下旬就要开始第一次用药，杜绝雨季病害爆发。以后一般结合降雨用药，7天一遍，如打药后未降雨可顺延至降雨后及时用药，但是最长不能超过到15天用药一次。一般发病顺序是褐斑病、病毒病，白粉病、炭疽病、疫病、根腐病、花叶病。进入8月份炭疽病和疫病混发并夹杂其他疾病（如根腐病，枯萎病等）造成毁园。其中花叶病注意防治传媒昆虫。
1）炭疽病：为害叶片、叶柄、主蔓、侧蔓。叶片发病先在叶上出现近圆形黑色病斑，病斑周围有黄晕。病斑上出现呈轮纹状排列的小黑点，潮湿时黑点上冒出粉红色粘液。叶上病斑多时，病叶变黄早落。叶柄发病，病斑黑色、梭形，病斑上也产生轮纹状的小黑点，潮湿时小黑点上冒出粉红色粘液。叶柄病斑扩展围柄一周时，病叶不变黄而“青落”。蔓上病斑与叶柄相同，围蔓一周时，病斑以上部位干枯死亡。炭疽病严重的田块，叶落蔓枯，产量锐减。
炭疽病是麻山药生产中为害最严重的病害。病菌主要随上年落地的病叶、病蔓在土壤中越冬，第二年生长期，在高湿条件下，从底层叶开始，逐渐向上扩展。6-8月多雨年份发病重，干旱年份发病轻。目前，防治炭疽病主要依靠及时喷药。对炭疽病有特效的保护性杀菌剂有： 氯溴异氰尿酸、、炭疽绝、20%噻菌铜等。山药苗高1米左右时要茎叶喷“苯甲嘧菌酯”等1500倍液防病，7天喷一次，连续喷3-5次。。从五月下旬或六月上旬开始喷药，保护性杀菌剂与内吸性杀菌剂交替使用，雨多时7天一次，一般情况下10天一次，干旱时半月一次，全年喷药8—12次，即可控制为害。为了保证药剂防治的效果，必须特别注意喷药质量。要点有三：一是药剂必须喷到叶片背面，只在表面喷药效果很差；二是用水量要足，根据架面情况，每次每亩使用的药液应达到50—150公斤（3—10桶水）；三是配药时一定要加助剂，提高药剂的展着性、粘着性和渗透性，可加入0.1%助杀或害立平。
2）疫病：主要为害蔓基部，皮层变黑坏死，严重时全株死亡。多年的调查证实，麻山药植株死亡主要是该病所致。多雨季节茎蔓基部积水是严重发病的主要原因。防治该病的主要措施有二：一是改变栽培方式：提倡垄栽，不要沟栽，发病很轻。二是药剂防治：多雨季节茎蔓基部喷药，也有良好效果。植愈对该病有良好预防效果；霜疫克600倍、50%烯酰吗啉1500—2000倍等，对该病有良好预防和治疗效果。多菌灵、甲基硫菌灵（甲托）、苯醚甲环唑（真高）、炭特灵对该病无效。
麻山药叶部还有几种病害，如褐斑病、轮纹病、叶枯病等。这些病害不会有像炭疽病那样严重，防治炭疽病的”氯溴异氰尿酸”对这些病害也有效果，不需要单独安排药剂，进行防治
除疫病以外，还有一些病害可导致茎蔓基部变黑坏死而致全株死亡。例如，根腐病菌为害可致根尖变黑坏死，造成全株衰弱甚至死亡。炭疽病菌侵害可导致基部（土面上、下）出现黑色斑块，造成植株衰弱甚至死亡；除疫病和炭疽病外其他病害多为零星发生，单独极难导致严重为害，但是联合发病几率很大，危害极其严重。因此，只要在防治炭疽病和疫病时个别进行复配并加大用水量，使药液渗入基部土层2—3 厘米，这些病害即可有效控制，就不需单独灌药防治。
